Nang nagkaroon muli ng kapayapaan sa Cebu, nagtatag si Legazpi ng isang pamayanang Espanyol dito. Ito ang unang pamayanang Espanyol sa Pilipinas.
Pinangalanan ito ni Legazpi ng "San Miguel" subalit
pinalitan at tinawag na
"Lungsod ng Pinakabanal na Pangalan ni Jesus"
Simula noon sinakop na ng mga Espanyol ang Cebu. Si Legazpi ang nag-aayos ng pamamahala rito, habang pinalaganap naman ng mga misyonero ang Kristiyanismo..
Nagpadala rin si Legazpi ng mga kawal sa mga kalapit na pulo ng Cebu.
Nagpatuloy ang pananakop ng mga Espanyol sa loob ng mahigit 3 siglo.
Pagtatag ng Pamayanang Espanyol
Pananakop sa Maynila
1569
Nagtungo si Legazpi at kanyang mga tauhan sa Panay dahil sa nakalap na
balita na ito raw ay sagana sa pagkain.
Nagtatag ulit ng ikalawang pamayanang Espanyol si Legazpi sa may dalampasigan ng Panay.
Nalaman ni Legazpi ang tungkol sa isang maunlad na pamayanan ng Luzon..
Mayo 8, 1570 nagpadala siya ng ekspedisyon na pinamunuan ni
Martin de Goiti.
Mayo 24, 1570
nagkaroon ng labanan sa pagitan ni Raha Sulayman at Legazpi dahilan ng hindi pagbayad ni Raha Sulayman ng buwis.
Sinunog ni Raha Sulayman ang Maynila at umurong sa pamamagitan ng pagbagtas ng Ilog pasig.
Bumalik si Goiti sa Panay upang mag-ulat kay Legazpi.
Pagtatag ng Pamayanang Espanyol
&
Pagsakop sa Maynila
Sa sumunod na taon si Legazpi naman ang sumalakay sa Maynila. Sinalubong at nakipagkaibigan si Lakandula dahil sa lakas ng kanilang hukbo.
Ngunit hindi pumayag si Raha Sulayman
kaya't sinunog muli ng raha ang Maynila...
Hunyo 24, 1571
Ginawang punong-lungsod ng Pilipinas ang Maynila.
Pinangalanan rin itong "Katangi-tangi at Laging Tapat na Lungsod"
Itinatag rin ni Legazpi ang pamahalaang lungsod ng Espanyol na kung tawagin
ay AYUNTAMIENTO.
Ipinagpatuloy ni Legazpi ang kanyang pananakop sa iba't-ibang lugar sa Pilipinas
Siya rin ang tinaguriang kauna-unahang mananakop na Espanyol at Gobernador-Heneral ng Pilipinas
